Bernartice se zapsaly do moderní historie našeho státu v období druhé světové války. Na přelomu roku 1941 a 1942 seskočilo na území tehdejšího Protektorátu několik skupin parašutistů z Anglie a někteří z nich našli útočiště v rodinách bernartických občanů. Měli zde pobýt krátce, ale přesto se o nich dozvědělo gestapo. 10. června 1942 provedlo gestapo v Bernarticích razii, při níž zatklo 22 zdejších občanů. Další zatýkání probíhalo do července 1942. Čtyřiadvacet místních občanů bylo popraveno v Lubech u Klatov, další v Táboře, řada zatčených zahynula v koncentračních táborech.
V posledních dnech války se jméno Bernartic objevuje v souvislosti s protifašistickým odbojem ještě jednou. Osmého května 1945 se postavili bernartičtí na odpor oddílu SS, který chtěl městečko obsadit. V odvetu mělo být dvacet občanů popraveno. Zachránily je oddíly dobrovolníků, které se vracely od Bechyně a z návrší Na Posvátném zaútočily na nepřítele. Při boji zahynula řada bernartických občanů.
Na památku této události byl na návrší Na Posvátném postaven památník v podobě žulového monolitu.