Ves Rataje leží na toku říčky Smutné, ve výši 405 m nad mořem, asi 7 km severně od Bechyně v okrese Tábor.

V okolí Rataj byla nalezena řada mohyl, které dokládají zdejší osídlení již v 11. a 12. století. Směrem k nedalekým Raděticům bylo nalezeno asi 100 mohyl s četnými nálezy datujícími nejstarší osídlení zdejší krajiny až do střední doby bronzové a mladší doby halštatské.
První ověřené zprávy o obci pocházejí však až ze století čtrnáctého.

Kromě kostela Nejsvětější Trojice z konce 14. století, který se zachoval i do současnosti, tu bývala malá tvrz. Ta však již ve druhé polovině 15. století zanikla. Jako památka na ni se dochovaly pozůstatky tvrziště na návrší Vraník na severovýchodním okraji vsi.

Jméno obce pochází od ratajů - oráčů (podobně ratejna = příbytek oráčů).

V Ratajích se narodil český archeolog Jan Hraše.