Das ausgedehnte Becken Třeboňská pánev erstreckt sich in der Umgebung der Stadt Třeboň. Es ist größer als das angrenzende Becken Českobudějovická pánev. Es reicht im Südosten bis zur Staatsgrenze zu Österreich im Raum bei České Velenice, im Norden bis zu den Städten Soběslav und Bechyně, im Osten zum Fluss Lužnice. Die Schwelle Lišovský práh trennt es im Westen vom Becken Českobudějovická pánev. Das Becken Třeboňská pánev liegt höher als das Becken Českobudějovická pánev – in der 400 – 500 m Seehöhe.

Die Entstehung der ausgedehnten Torfmoore und des bedeutendesten tschechischen Teichgebietes beeinflussten die geringen Gefälle der Flüsse, die ungenügende Entwässerung und der durchlässige Untergrund. Zu den bedeutendesten Teichen gehören: Svět bei Třeboň, der größte tschechische Teich Rožmberk, Horusický unweit von Veselí nad Lužnicí, Dvořiště und Velký Tisý unweit von Lomnice nad Lužnicí, Staňkovský bei Chlum u Třeboně. Die ausgedehntesten Torfmoore entstanden im Raum zwischen Třeboň und Suchdol nad Lužnicí. Das bekannte Torfmoor Borkovická blata erstreckt sich zwischen Soběslav, Bechyně und Veselí nad Lužnicí. Das Becken Třeboňská pánev entwässern die Flüsse Lužnice und Nežárka, der Fluss Nežárka mündet in den Fluss Lužnice in Veselí nad Lužnicí.

Im Becken Třeboňská pánev gibt es noch viele andere touristisch interessante Orte. Hier sind künstlich ausgebaute Wasserkanäle, von denen Zlatá stoka und Nová řeka am bedeutendesten sind, ausgedehnte Waldkomplexe mit Gehegen (Jemčina), Naturreservate (z.B. Stará řeka, Červené blato, Žofínka, Dračice) und viele historisch interessante Orte.

In der Umgebung von Třeboň konzentrieren sich viele Natursehenswürdigkeiten, deshalb wurde ein Teil des Beckens Třeboňská pánev im Jahr 1977 zum biosphärischen Reservat von UNESCO erklärt. Im Jahr 1979 wurde das 700 Quadratkilometer große Gebiet zum LSG Třeboňsko erklärt.