Tvrz Klokočín leží v sousedství stejnojmenné vsi asi 4 km severozápadně od Protivína při řece Blanici.

Původní dvorec z počátku 15. století byl v 16. století přestavěn na tvrz. Jejími majiteli byli Protivínští z Pohnání. Po nich vlastnili Klokočín Švamberkové, kteří tvrz v roce 1584 prodali zvíkovskému purkrabímu Janu Želízkovi. Z dalších majitelů zaujímají významné místo Schwarzenbergové, kteří tvrz vlastnili od roku 1711 až do roku 1918.
V průběhu 20. století sloužila tvrz různým účelům, posloužila i filmařům při natáčení filmu Markéta Lazarová.
V současné době je soukromým majetkem.

Okolím tvrze prochází trasa stejnojmenné naučné stezky.