Nicht weit vom Gipfel des Bergs Boubín erstreckt sich ein Komplex des ursprünglichen Tannenbuchenwaldes mit dem Fichtenwald, der als Urwald Boubínský prales bekannt ist. Dieser uralte Wald blieb hier dank den Bemühungen des Forstmeisters John erhalten. Fürst Jan Adolf Schwarzenberg, der damalige Besitzer der hiesigen Herrschaft, kam ihm entgegen. Ein Teil der Waldbestände mit der Fläche von 150 ha sollte nach seiner Entscheidung im Jahr 1858 aus der normalen Forstwirtschaft herausgenommen werden. Nach den Urwäldern Žofínský prales und Hojná Voda entstand das dritte Urwaldreservat in Böhmen.

Ein großer Windsturm vernichtete im Jahr 1870 einen wesentlichen Teil der Bestände im neu eröffneten Reservat. Unbeschädigt blieb nur ein Teil des Urwaldes mit der Fläche von etwa 50 ha. Nach der Verstaatlichung der Wälder im Böhmerwald im Jahr 1933 wurde dieses Gebiet zum staatlichen Naturreservat erklärt. In der Nachkriegszeit wurde die Ausdehnung des Reservates mehrmals geändert. Das Reservat wurde am Ende zur Fläche von heutigen 666 ha erweitert. Der eigene Kern des Reservates ist der Öffentlichkeit nicht zugänglich. Viele Touristen, die den Urwald besichtigen wollten, beschädigten ernsthaft die Wurzeln der Bäume durch das Zertreten. Sie vertrockneten oder unterlagen dem Wind oder den Waldschädlingen.
Das gleiche Schicksal betraf auch den Baum "Fichtenkönig". Dieser mächtige Baum, der 58 m hoch war und 30 Kubikmeter Holzmasse umfasste, fiel im Dezember 1970. Damals wurde der Beschluss gefasst, dass der Kern des Urwaldes mit den größten Bäumen und anderen Natursehenswürdigkeiten der Öffentlichkeit nicht zugänglich sein wird.

Im Jahr 1979 wurde der Lehrpfad Boubínský prales um den Kern des Urwaldes errichtet. Die Waldwege des Rundpfades führen um den Rand des am besten erhaltenen Teiles des Urwaldes.