Der Fluss Nežárka ist der größte Nebenfluss des Flusses Lužnice, in den er in Veselí nad Lužnicí von rechts mündet.

Er entsteht durch den Zusammenfluss der Flüsse Kamenice und Žirovnice bei Jarošov nad Nežárkou, nordöstlich von Jindřichův Hradec. Der Fluss Nežárka fließt durch die Stadt Jindřichův Hradec kurz nach dem Zusammenfluss beider Quellflüsse. Dann fließt er in Richtung Südwesten durch ein offenes Tal bis zur Stadt Stráž nad Nežárkou. Der Fluss verändert hier seine Flussrichtung nach Nordwesten. Der Kanal Nová řeka, der zur Regulierung des Flusses Lužnice durch das Teichgebiet in der Umgebung von Třeboň gebaut wurde, mündet in ihn von rechts in der Nähe von Jemčina. Von Stráž nad Nežárkou fließt der Fluss zur Stadt Veselí nad Lužnicí, wo er in den Fluss Lužnice mündet.

Der Fluss Nežárka ist ein typischer Tieflandsfluss mit dem langsamen Strom, dessen Flusslauf durch zahlreiche Wasserwehre gestaut ist. Er ist bei den Wassersportlern beliebt, besonders sein Mittel- und Unterlauf sind befahrbar. Sein Wasser ist sehr sauber, deshalb wird er zum Baden und zur Erholung sehr oft ausgesucht.
Der Fluss Nežárka ist von der Quelle bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Lužnice 56 km lang. Er entwässert ein Gebiet von 1.007 Quadratkilometern.

Entlang des Flusses führen einige touristische Trassen: die gelbe touristische Markierung führt von Jindřichův Hradec nach Stráž nad Nežárkou, die rote zwischen Stráž nad Nežárkou und Jemčina, die grüne von Jemčina zur Ortschaft Hamr, die blaue im restlichen Abschnitt des Flusses bis zum Zusammenfluss mit dem Fluss Lužnice in Veselí nad Lužnicí.